Efter en lång resa för hämnd , Ezio Auditore kämpar sig till Sixtinska kapellet . Hans nemesis , Rodrigo Borgia , har blivit påve Alexander VI och har förvärvat personal lustgård . Även om Ezio håller Apple of Eden , en rival artefakt , Borgia rekord honom , tar Apple och hugger Ezio . Försvagad , Ezio följer Borgia in i valvet , och han slår Borgia i ett slagsmål . Ezio vägrar att döda Borgia och hävdade att döda spanjoren inte kommer att föra sin familj tillbaka . Köpa och sälja The Ones som kom före
Leaving Borgia bakom , använder Ezio bitar av eden att få tillgång till valvet. Inuti möter han ett hologram av en kvinna som kallar sig Minerva . Minerva berättar att hon är en av de som kom innan , en mystisk humanoid art som kom till jorden när mänskligheten var ung . De som kom innan tillverkat Pieces of Eden för att styra den mänskliga rasen . Men några människor var immuna mot Pieces " effekter , och de stal en bit av Eden för att starta ett krig mot sina controllers . Minerva talade också om en katastrof i det förflutna som förstörde en stor del av jordens befolkning , och varnade Ezio att det skulle hända igen . Minerva behandlas därefter Desmond Miles , som återuppleva Ezio minnen århundraden senare . Hologrammet försvinner , lämnar Ezio med fler frågor än när han kom in . Addera mördarna Fly
Tillbaka i 2012 , upptäcker Desmond att Assassin gömställe har varit äventyras. Agenter från Abstergos är slå ned på Assassins , så Lucy Stillman , en av Desmond partners , ger honom en dold blad liknar den som Ezio används i renässansen . Med den , bekämpar Desmond bort Abstergos vakter och flyr Warren Vidic , en av Abstergos chefer . Desmond och hans kollegor fly anläggningen i en skåpbil . Medan de flyr , går Desmond tillbaka in i Animus att söka Ezio minnen medan hans partner diskuterar Minervas ord .
Sanningen
Om spelaren har avslutat ämne 16 sida quest , då spelaren belönas med Sanningen . Sanningen är en video där två människor som identifierar sig som Adam och Eva ses i vad som förmodligen Edens lustgård . Inne i byggnaden som Adam och Eva klättrar är en siffra som ses med hjälp av en bit av Eden för att styra människor . På toppen , vänder Eva till Adam och visar en bit av Eden i hennes händer . Adam kallar hennes namn , och Eva varnar Adam om något som jagar dem . Videon klipper sedan till svart , och en binär kod stavning " EDEN " kan ses. Addera