Vilka är effekterna av ett alkaliskt pH-värde på den struktur av DNA

? Vanligtvis varje DNA-molekyl i dina celler innehåller två delar som förenats med interaktioner kallade vätebindningar . Förändring av förhållanden , men kan " denaturera " DNA och orsaka dessa trådar för att separera. Lägga starka baser , såsom NaOH, dramatiskt ökar pH och därmed minskar vätejonkoncentration av lösningen och denaturera dubbelsträngad DNA . Effekter av pH

hydroxidjon koncentration och pH har en direkt korrelation , vilket betyder ju högre pH , desto högre hydroxid koncentration. Likaså faller ju lägre vätejonkoncentration . Vid högt pH-värde , då är lösningen rik på hydroxidjoner , och dessa negativt laddade joner kan dra vätejonerna bort av molekyler som de baspar i DNA. Denna process stör vätebindningar som håller de två DNA-strängarna ihop , vilket får dem att separera .
RNA vs DNA

skillnad från RNA , saknar DNA en hydroxylgrupp på 2'-positionen i varje sockergrupp . Denna skillnad gör DNA mycket stabilare i alkalisk lösning . I RNA, kan hydroxylgruppen på 2 -positionen ge upp en vätejon till lösningen vid högt pH , vilket skapar en mycket reaktiv alkoxidjon som angriper fosfatgrupp som håller två angränsande nukleotider tillsammans. DNA lider inte av denna defekt och därmed åtnjuter anmärkningsvärd stabilitet vid höga pH .

Alkalisk lys

Molekylärbiologergör ofta använda alkalisk denaturering för att isolera plasmid DNA från bakterier. Plasmider är små slingor av DNA åtskilja från den bakteriella kromosomen . I alkalisk lys miniprep , biologer tvättmedel och natriumhydroxid till bakterier suspenderade i lösning . Detergenten löses bakteriecellmembranetmedan natriumhydroxid höjer pH-värdet och gör lösningen starkt alkalisk. Eftersom de trasiga cellerna frigör deras innehåll , separerar DNA inne i dess ingående delarna , eller denaturerar . Addera återhybridisering

När biologen extraherar DNA från cellen , han adderar ett annat reagens för att återföra lösningen till ett mer neutralt pH och utfällning av detergenten. Förändringen av pH tillåter plasmiden strängarna till reanneal; den skrymmande kromosomen dock inte kan göra samma sak , så biologen kan ta bort den tillsammans med tvättmedlet , denaturerade proteiner och andra diverse skräp , lämnar plasmiden bakom . Alkalisk lys inte helt rena plasmid-DNA; snarare fungerar den som en " snabb och smutsig " sätt att extrahera den från cellen och ta bort de flesta andra föroreningar . Addera