Game Boy Advance har en annan patronplats och använder en annan processor än den ursprungliga Game Boy. Även om det finns några få undantag (som Game Boy Color, som är kompatibel med Game Boy Advance), är Game Boy-spel inte kompatibla med Game Boy Advance.
Du kan dock spela Game Boy och Game Boy Color-spel på en Game Boy Advance SP genom att använda en Game Boy Player tillbehör till Nintendo GameCube.