Basala aktiviteten av SP6-promotorn

In vitro-försök är sådana som genomförs utanför en levande organism i ett provrör eller liknande miljö. Forskare kan göra RNA kopior eller avskrifter av en gen in vitro genom en process som kallas in vitro transkription . Det enzym som gör RNA-transkriptet baserad på genen kallas för en RNA-polymeras. En sådan molekyl är SP6- polymeras. Det kräver en DNA-sträng som kallas SP6-promotorn för att kunna fungera på rätt sätt. Promotorer

En promotor är den region av DNA bundet av ett RNA-polymeras för att initiera transkription . SP6- polymeras kräver att en mycket specifik sekvens är närvarande i promotorn i syfte att binda , så när SP6 polymeras används för in vitro- transkription, måste den gen som innehåller SP6-promotorn för transkription att inträffa. Den SP6 polymeras är från en typ av virus som kallas en bakteriofag; bioteknikföretag producerar detta polymeras genom att infektera salmonellabakterier med fag och därefter isolering av den polymeras. Addera Expression

Basal uttryck eller aktivitet hänvisar till nivån av uttryck i frånvaro av andra molekyler som kommer att öka eller minska nivån av transkription . Aktivatorer eller repressorer , till exempel, är proteiner som kan binda till promotorn eller andra genreglerande regioner och antingen hjälper till att rekrytera RNA- polymeras eller hindra den från att binda . Inducerare är molekyler som ökar produktionen av genprodukten genom att höja uttrycksnivåer .
SP6

Basal aktivitet för SP6 promotor kommer att variera beroende på villkoren för experimentet . Det viktigaste är naturligtvis , är hur dina experimentella förhållanden kan påverka verksamheten och hur SP6 kan jämföras med andra system . Generellt SP6 polymeras och initiativtagare ger lägre verkningsgrad än T7 och T3 in vitro transkriptionssystem, även under idealiska förhållanden SP6 är ungefär jämförbar med dessa andra två . Liksom SP6 , både T7 och T3 använder ett RNA-polymeras från bakteriofag .
Villkor

saltkoncentration och temperatur är två viktiga faktorer för att bestämma basal aktivitet . SP6 är mycket känslig för saltkoncentration , så högre saltkoncentrationer kan minska sin verksamhet kraftigt . Allt annat förblir oförändrade , är uttryck betydligt större vid 104 grader Fahrenheit än vid 99 grader Fahrenheit . Nukleotid -koncentrationen är en annan viktig faktor. Låga koncentrationer kan potentiellt orsaka transkription att avsluta i förtid och därmed minska din effektivitet . Ökning av nukleotid koncentrationen kommer att undvika detta problem . Om du syntetisera RNA- sonder , men att lägga för mycket omärkt nukleotid minskar mängden märkt nukleotid i den slutliga produkten . Addera